首先需要找到清籁丸沉船的位置，通过地图传送点直接移动到船舱附近。进入船舱后往上走会看到一个需要解密的门，这里就是通往船底石洞的入口。解密方法很简单，只需要按照数字顺序依次踩踏地面上的石板就能开门。记得提前准备好雷种子，后续解谜会用到它来穿越屏障。
进入第一层后会发现几个旋转机关，关键是要让所有机关的箭头两两相对形成长方形排列。不用纠结顺转还是逆转，只要最终箭头能首尾相连就行。解开后会开启通往地下室的通道。这时候别急着下去，先绕到沉船后方用雷种子解除屏障，方便后续探索。地下室入口在船舱角落，跟着出现的仙灵走就能找到。
跟着仙灵来到第二层会看到一个上锁的铁门，钥匙藏在附近的宝箱里。打开宝箱拿到钥匙后继续跟随仙灵，它会带你找到下一个解密点。这里需要玩个简单的图案配对游戏，把相同符号的木板全部点亮。完成后会开启通往下层的入口，同时还能获得一个隐藏成就。记得检查角落，有片书籍残页可以收集。
最下层有三个继电石需要收集，第一个在打碎的岩石后面，第二个在右上方结界屏障里，第三个在左边对面。拿齐后按特定位置摆放就能激活机关打开最后的大门。如果雷种子时间足够，可以直接飞过去拿第三个。进入山洞击败里面的怪物，引导雷灵通过相位之门返回，整个船底石洞的解密就全部完成了。
整个解密过程需要耐心观察环境细节，多和场景互动。遇到卡关时不妨检查是否有遗漏的机关或宝箱。跟着仙灵走是最稳妥的方式，它基本会指引所有关键节点的路线。解密成功后不仅能获得丰厚奖励，还能深入了解清籁丸沉船背后的故事线索。
